Qua 75 năm thành lập và trưởng thành, Học viện Quân y luôn tự hào đang là đối tác của các cơ sở giáo dục, bệnh viện, viện nghiên cứu quốc tế có uy tín thuộc khoảng 30 quốc gia và các vùng lãnh thổ trên toàn thế giới.

Hợp tác tác quốc tế đã góp phần tích cực vào quá trình hội nhập quốc tế về chất lượng đào tạo, nghiên cứu khoa học và điều trị của Học viện. Thông qua hợp tác quốc tế, chất lượng đội ngũ cán bộ quản lý, đào tạo, nghiên cứu khoa học được tăng cường rõ rệt. Hàng năm trung bình khoảng 100 lượt cán bộ của Học viện đi trao đổi, dự hội nghị, hội thảo và đào tạo ở nước ngoài. Số lượng chuyên gia, giảng viên quốc tế đến giảng dạy, làm việc tại Học viện ngày càng tăng. Trung bình mỗi năm Học viện tiếp đón khoảng 90 lượt khách quốc tế đến giảng dạy, nghiên cứu và trao đổi chuyên môn. Học viện đã ký 30 Bản ghi nhớ hợp tác với các cơ sở giáo dục nước ngoài nhằm thúc đẩy các nội dung hợp tác về đào tạo, nghiên cứu khoa học và điều trị trong lĩnh vực y tế nói chung và y học quân sự nói riêng.

Nội dung hợp tác quốc tế ngày càng mở rộng, đi vào chiều sâu, hiệu quả, tập trung trên nhiều lĩnh vực mũi nhọn như: nghiên cứu y học quân sự bảo đảm quân y sẵn sàng chiến đấu trong tình hình mới; ứng dụng kỹ thuật tiên tiến trong chẩn đoán, điều trị và dự phòng bệnh; nghiên cứu triển khai ghép tạng; ứng dụng công nghệ sinh học trong y học; các bệnh truyền nhiễm mới nổi, phát triển ứng dụng các công nghệ chiết xuất, bào chế hiện đại trong nghiên cứu bào chế dược, …. Hợp tác quốc tế nhằm chuyển giao, ứng dụng các kỹ thuật y học tiên tiến phục vụ chăm sóc sức khỏe bộ đội và nhân dân được Học viện thường xuyên quan tâm. Thông qua hợp tác quốc tế, đã có nhiều kỹ thuật được ứng dụng tại Bệnh viện Quân y 103 và Bệnh viện Bỏng quốc gia Lê Hữu Trác. Kết quả hợp tác quốc tế góp phần đưa vị thế của Học viện ngày càng được nâng cao trong khu vực và trường quốc tế.

Học viện Quân y đã triển khai toàn diện, thực hiện nghiêm túc những nội dung hợp tác về đào tạo với hai nước Lào và Campuchia theo chỉ thị của Bộ Quốc phòng. Hằng năm, Học viện đào tạo học viên quân sự Lào và Campuchia trình độ đại học và sau đại học về chuyên ngành y dược. Cử chuyên gia sang trao đổi chuyên môn, giảng dạy, chia sẻ kinh nghiệm, thông tin; giúp Bạn nâng cao kiến thức phục vụ công tác đào tạo, nghiên cứu khoa học và điều trị. Tiếp nhận sinh viên Singapore và Đức thực tập lâm sàng tại Bệnh viện Quân y 103. Triển khai hợp tác nghiên cứu với các đối tác truyền thống như Đại học Tubingen, Đức; Đại học y khoa Kanazawa, Nhật Bản;  Đại học Toyama, Nhật Bản…. Tổ chức các Hội nghị, hội thỏa khoa học quốc tế. Học viện Quân y vinh dự là một trong số ít các cơ sở đào tạo và nghiên cứu khoa học trong nước hàng năm có trung bình trên 100 bài báo đăng tải trên các tạp chí khoa học quốc tế ISI, Scopus….

Bên cạnh đó, Học viện tích cực tham gia hoạt động gìn giữ hòa bình Liên hợp quốc, đã triển khai hai Bệnh viện Dã chiến cấp 2 thực hiện nhiệm vụ tại Nam Su đăng, đã hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ, góp phần lan tỏa hình ảnh đất nước, con người Việt Nam yêu chuộng hòa bình trong mắt bạn bè quốc tế.