Với mục tiêu xây dựng Học viện theo hướng cách mạng, chính quy, khoa học, từng bước hiện đại; Là trung tâm đào tạo, NCKH, điều trị có chất lượng cao của Quân đội và cả nước...Trong 70 năm xây dựng, phát triển và trưởng thành, Học viện đã quán triệt và triển khai thắng lợi các nghị quyết của Đảng, của Quân đội về công tác giáo dục đào tạo.
Học viện Quân y là một trung tâm Đào tạo, Nghiên cứu khoa học và Điều trị lớn của quân đội. Trải qua quá trình xây dựng và trưởng thành, Nghiên cứu khoa học của Học viện đã đạt được những thành tựu đáng tự hào.
Với 2 Bệnh viện thực hành (BVQY 103, Bệnh viện Bỏng Quốc gia) và Viện Mô phôi lâm sàng, Học viện Quân y là cơ sở thực hành đào tạo bác sĩ đại học, sau đại học và là một trong những cơ sở điều trị lớn trong Quân đội và cả nước. Hiện nay, trung bình hàng năm, các cơ sở điều trị của Học viện khám bệnh cho trên 220.000 lượt người, điều trị trên 30.000 lượt bệnh nhân. Ứng dụng thành công nhiều kỹ thuật tiên tiến, công nghệ hiện đại vào điều trị như mổ nội soi, đặt stent, ghép tạng, cấp cứu điều trị bỏng, phẫu thuật tạo hình vi phẫu trong điều trị di chứng bỏng và vết thương, vết loét lâu liền; kỹ thuật hiện đại hỗ trợ điều trị cho các trường hợp vô sinh...).
